全院设有水稻、作物、植保、土肥与资环、园艺、畜牧兽医、农业经济与信息、蔬菜花卉、农产品质量安全与标准、农产品加工、农业微生物、农业工程、超级水稻发展研究中心等13个研究所（中心），2个综合服务机构，7个机关处室，建有水稻国家工程研究中心（南昌）、国家红壤改良工程技术研究中心、国家水稻育种改良南昌分中心、农业部肉猪质量安全监督检验中心（南昌）实验室等8个部级（分）中心（站），以及9个重点实验室、8个检测咨询中心。